L'État encadre la gestion et la restauration des populations de migrateurs amphihalins afin de préserver ces espèces. Il élabore des documents d'objectif et de planification afin de préserver ces populations ou de les restaurer. Il est en outre chargé de mettre en œuvre les règlements (exemple : anguille...), les directives (directive cadre sur l'eau, directive habitats faunes flores - Natura ...